The tärkein ero eksomin ja transkriptomin välillä on, että exome on genomin proteiineja koodaavien geenien kaikkien eksonien täydellinen sekvenssi, kun taas transkriptoomi on proteiinia koodaavista geeneistä peräisin olevien lähetti-RNA-molekyylien kokoelma. Lisäksi eksomi kattaa 1-2% genomin kokonaissekvenssistä, kun taas transkriptomi muodostaa alle 4% solun kokonais-RNA: sta.

Eksomi ja transkriptoomi ovat kaksi genomin proteiinia koodaavien geenien sekvenssikokoelmaa. Molemmilla on erilaisia ​​sovelluksia genomitutkimuksissa sekä sairauksien diagnosoinnissa.

Keskeiset alueet

1. Mikä on Exome - Määritelmä, tosiasiat, tekniikat 2. Mikä on Transcriptome - Määritelmä, tosiasiat, tekniikat 3. Mitkä ovat samankaltaisuudet Exomen ja Transkriptomin välillä - Yleiskatsaus 4. Mitä eroa on Exomella ja Transkriptomilla - Keskeisten erojen vertailu

Keskeisiä termejä

Exon, Exome, mRNA, proteiinia koodaavat geenit, transkriptomi

Mikä on Exome

Eksomi on eksonien kokoelma tietyn organismin genomin proteiinia koodaavissa geeneissä. Genomin koodaava sekvenssi on ryhmitelty geeneiksi, jotka voidaan joko koodata proteiineille tai RNA: lle. Prokaryoottisessa genomissa muut sekvenssit eivät keskeytä koodaavaa sekvenssiä, kun taas eukaryoottisessa genomissa geenin koodaava sekvenssi keskeytetään ei-koodaavilla sekvensseillä, joita kutsutaan introneiksi. Siksi klusteroituja koodaussekvenssejä kutsutaan eksoneiksi.

Kuva 1: Eksonit ja intronit

Proteiinia koodaavissa geeneissä RNA-polymeraasi transkriptoi intronit sekä eksonit esiaste-mRNA: han transkription aikana. Sisällytetyt intronit poistetaan seuraavien transkription jälkeisten muutosten aikana. Tärkein eksomin tutkimuksessa käytetty tekniikka on koko eksomin sekvensointi (WES). WES osallistuu tietyn genomin fragmentoidun DNA: n hybridisaatioon kohde -DNA -sekvenssien tunnistamiseksi, jota seuraa sekvensointi.

Mikä on Transcriptome

Transkriptomi on solussa ekspressoitujen mRNA: iden kokonaissarja. Sen osuus on alle 4% solun kokonais -RNA: sta. Koska transkriptomi määrittää proteomin koostumuksen, se määrittää kyseisen solun biokemiallisen kapasiteetin. Myöskään tietyn solun transkriptiota ei voida syntetisoida, ja se tulee aina tytärsolulle emosolusta solunjakautumisen aikana. Siten transkriptio, joka on RNA: n tuottamisprosessi, on vaihe transkriptomin ylläpitämiseksi.

Kuva 2: Pluripotent -solun transkriptio

Toisaalta, vaikka jokainen solu sisältää tietoa lajin koko transkriptomin tuottamiseksi, solussa ilmentyvät geenit riippuvat myös ympäristötekijöistä. Kaksi tärkeintä transkriptomien tutkimuksessa käytettyä tekniikkaa ovat microarray ja RNA-seq.

Yhtäläisyyksiä Exomen ja Transcriptomen välillä

Ero Exomen ja Transcriptomen välillä

Määritelmä

Exome viittaa genomin osaan, joka koostuu eksoneista, jotka koodaavat tietoa proteiinisynteesille, kun taas transkriptoomi viittaa kaikkien organismin geeneissä ilmentyvien lähetti -RNA -molekyylien yhteenlaskettuun summaan. Tärkein ero eksomin ja transkriptomin välillä on siis itsestään selvä tästä määritelmästä.

Merkitys

Siten eksomi on eksonien kokonaisjoukko proteiineja koodaavissa geeneissä, kun taas transkriptoomi on solussa ekspressoitujen mRNA: iden kokonaissarja.

DNA tai RNA

Myös eksomi koostuu DNA: sta, kun taas transkriptoomi koostuu RNA: sta.

Määrä

Exome edustaa 1-2% koko genomista, kun taas transkriptomi edustaa alle 4% solun kokonais-RNA: sta.

Taso

Toinen ero eksomin ja transkriptomin välillä on se, että eksomi on genomitasolla, kun taas transkriptio on transkriptiotasolla.

Tekniikat

Lisäksi koko eksomin sekvensointi on tekniikka eksomin määrittämiseksi, kun taas microarray ja RNA-seq määrittävät transkriptomin.

Johtopäätös

Eksomi on koko genomin eksonien joukko, jonka genomin WES määrittää. Siksi exome on DNA-pohjainen käsite. Transkriptoomi on kuitenkin RNA-pohjainen käsite, koska se on koko solun mRNA-sarja. Suurin ero eksomin ja transkriptomin välillä on niiden käsite.

Viite:

1. Warr, Amanda et ai. "Exome -sekvensointi: nykyiset ja tulevat näkymät." G3: Geenit | Genomit | Genetiikka 5.8 (2015): 1543–1550. PMC. Web. 6. syyskuuta 2018. Saatavana täältä 2. Ruskea TA. Genomit. 2. painos. Oxford: Wiley-Liss; 2002. Luku 3, Transkriptit ja proteomit. Saatavana täältä

Kuva:

1. ”DNA-eksonien intronit”, National Human Genome Research Institute-(Public Domain) Commons Wikimedian kautta 2. “Pluripotenttisten solujen transkriptio” Grskovic, M. ja Ramalho-Santos, M., Pluripotentti transkripto (10. lokakuuta, 2008), StemBook, toim. The Stem Cell Research Community, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. -[1] DirectStemBook Kuva 2 Pluripotenttisten solujen transkriptio. Grskovic, M. ja Ramalho-Santos, M., Pluripotentti transkripto (10. lokakuuta 2008), StemBook, toim. The Stem Cell Research Community, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. (CC BY 3.0) Commons Wikimedian kautta