The tärkein ero geelielektroforeesin ja SDS PAGE: n välillä on se geelelektroforeesi on tekniikka, jota käytetään erottamaan DNA, RNA ja proteiinit, kun taas SDS PAGE on eräänlainen geelelektroforeesi, jota käytetään pääasiassa proteiinien erottamiseen. Yleensä SDS PAGE antaa paremman resoluution kuin tavallinen geelielektroforeesi.

Geelielektroforeesi ja SDS PAGE ovat biotekniikan tekniikoita, jotka auttavat erottamaan makromolekyylejä varauksen ja koon perusteella. Tyypillisesti geelielektroforeesissa käytetään erottamiseen agaroosigeeliä, kun taas SDS PAGE käyttää polyakryyliamidigeelipistoksia.

Keskeiset alueet

1. Mikä on geelielektroforeesi - Määritelmä, menettely, merkitys 2. Mikä on SDS PAGE - Määritelmä, menettely, merkitys 3. Mitkä ovat samankaltaisuudet geelelektroforeesin ja SDS -sivun välillä - Yleiskatsaus 4. Mikä on ero geelielektroforeesin ja SDS -sivun välillä - Keskeisten erojen vertailu

Avaintermit: agaroosi, DNA, geelielektroforeesi, polyakryyliamidi, proteiinit, SDS -SIVU

Mikä on geelielektroforeesi

Geelielektroforeesi on tekniikka, joka erottaa makromolekyylien fragmentit, kuten DNA, RNA ja proteiinit niiden koon ja varauksen perusteella. Geelelektroforeesin aikana makromolekyylit liikkuvat sähkökentän vaikutuksesta geelimatriisiin, joka sisältää huokosia, joiden läpi makromolekyylit liikkuvat. Geelielektroforeesi on yleinen tekniikka, joka analysoi DNA: ta PCR-, RFLP-, kloonaus-, DNA -sekvensointi- tai blottaustekniikoista. Nanohiukkaset voidaan erottaa myös geelelektroforeesilla. Geelipuikko valmistetaan polysakkaridista, jota kutsutaan agaroosiksi, joka on peräisin merilevästä. Agaroosigeelit koostuvat pitkäketjuisista agaroosimolekyyleistä, jotka on yhdistetty hämähäkinverkkoksi. Video 1 kuvaa agaroosigeelin valmistusta.

Sekä DNA että RNA sisältävät fosfaattiryhmiä kussakin monomeerinukleotidissaan. Siksi niillä on sama negatiivinen varaus koko molekyylissä. Lisäksi ne siirtyvät kohti positiivista elektrodia sähkökentän alla. Siirtymisnopeus riippuu nukleiinihapon koosta. Lyhyemmät molekyylit kulkeutuvat nopeammin huokosten läpi, kun taas suuret vievät jonkin aikaa.

Kuva 1: DNA -vyöhykkeet agaroosigeelissä

Mikä on SDS PAGE

SDS PAGE (natriumdodekyylisulfaatti-polyakryyliamidigeelielektroforeesi) on analyyttinen tekniikka, jota käytetään varautuneiden molekyylien erottamiseen koon perusteella. Tässä prosessissa SDS: ää käytetään proteiinien eristämiseen denaturoimalla ne. Koska SDS on pesuaine; se rikkoo proteiinien tertiäärisen rakenteen, jolloin taitettu proteiini muuttuu lineaariseksi molekyyliksi. Lisäksi se peittää lineaarisen proteiinimolekyylin tasaisella negatiivisella varauksella. SDS PAGE koostuu kahdesta geelistä, joilla on eri pitoisuudet. Yläkerrosta kutsutaan pinoamisgeeliksi, johon näytteet ladataan, kun taas alempaa kerrosta kutsutaan erottavaksi geeliksi. Pinoamisgeelin polyakryyliamidipitoisuus on 3,5-4% (suuri huokoskoko) ja se keskittyy proteiineihin yhdellä kaistalla. Erottavassa geelissä oleva polyakryyliamidipitoisuus on 4-20% (pieni huokoskoko) ja se erottaa proteiinit niiden koon perusteella. Video 2 esittää SDS -sivun valmistelua.

SDS PAGE tarjoaa proteiinien nopean erottamisen, mikä helpottaa myöhempää analyysiä, kuten Western blotting.

Kuva 2: Proteiininauhat SDS -SIVULLA

Koska SDS PAGE: n erottelukyky on suurempi kuin tavallinen agaroosigeeli, SDS PAGE auttaa erottamaan pieniä 5-500 emäsparin DNA-fragmentteja.

Geelielektroforeesin ja SDS -sivun samankaltaisuudet

Ero geelielektroforeesin ja SDS -sivun välillä

Määritelmä

Geelielektroforeesi: Tekniikka, jota käytetään erottamaan makromolekyylien fragmentit, kuten DNA, RNA ja proteiinit niiden koon ja varauksen perusteella

KTT -SIVU: Analyyttinen tekniikka, jota käytetään varautuneiden molekyylien erottamiseen koon perusteella

Sävellys

Geelielektroforeesi: Tasainen koko geelissä; koostuu agaroosista

KTT -SIVU: Kaksi geeliä eri pitoisuuksilla; koostuu polyakryyliamidista

Suorita Configuration

Geelielektroforeesi: Vaakasuora juoksu

KTT -SIVU: Pystysuora juoksu

Valumenetelmät

Geelielektroforeesi: Asettuu jäähtyessään

KTT -SIVU: Kovettuu kemiallisella reaktiolla

Huokoskoko

Geelielektroforeesi: Huokoskoko ei ole yhtenäinen; Mitä suurempi agaroosipitoisuus, sitä pienempi huokoskoko

KTT -SIVU: Huokoskoko on yhtenäinen; akryyliamidin ja bis-akryyliamidin suhde määrittää huokosten koon

Keskittyminen

Geelielektroforeesi: 0.5-2%

KTT -SIVU: 6-15%

Erottaminen

Geelielektroforeesi: 50-20 000 bp nukleiinihappoja

KTT -SIVU: 5-250 000 Da-proteiinia

Ehdot

Geelielektroforeesi: Yleensä ajetaan alkuperäisissä olosuhteissa

KTT -SIVU: Denaturoivat olosuhteet

Valmistautuminen

Geelielektroforeesi: Yksinkertainen

KTT -SIVU: Monimutkainen prosessi

Värjäys

Geelielektroforeesi: Sisältää etidiumbromidia

KTT -SIVU: Coomassie- tai hopeavärjäys

Johtopäätös

Geelielektroforeesi on analyyttinen tekniikka, joka erottaa makromolekyylit, kuten DNA, RNA ja proteiinit, niiden koon perusteella. SDS PAGE on geelielektroforeesityyppi, jota käytetään pääasiassa proteiinien erottamiseen denaturoivissa olosuhteissa. SDS PAGE: lla on suurempi erottelukyky verrattuna tavalliseen geelielektroforeesiin. Suurin ero geelelektroforeesin ja SDS PAGE: n välillä on erotettujen makromolekyylien tyyppi ja niiden menetelmä.

Viite:

1. "Geelielektroforeesi." Khan Academy, saatavilla täältä2. "SDS-polyakryyliamidigeelielektroforeesi (SDS-PAGE)." Diamantina Institute, 26. huhtikuuta 2017, saatavana täältä

Kuva:

1. ”Geelielektroforeesi 2” Von Mnolf-Kuva otettu Innsbruckissa, Itävallassa (CC BY-SA 3.0) Commons Wikimedian kautta 2. “Coomassie3” Tekijä Yikrazuul-Oma työ (CC BY-SA 3.0) Commons Wikimedian kautta