The tärkein ero pesäkkeen ja plakin hybridisaation välillä on, että pesäkehybridisaatio on menetelmä, jota käytetään bakteeripesäkkeiden valinnassa halutuilla geeneillä, kun taas plakin hybridisaatio on faagien valintamenetelmä halutuilla geeneillä. Lisäksi pesäkehybridisaatiota voidaan käyttää plasmidi- tai kosmidipohjaisten kirjastojen seulonnassa, kun taas plakin hybridisaatiota voidaan käyttää faagikirjastojen seulonnassa.

Pesäkkeen ja plakin hybridisaatio ovat kaksi tekniikkaa, joita käytetään genomisten tai cDNA -kirjastojen seulonnassa. Niitä kutsutaan myös siirtomaa hissi ja plakin nosto vastaavasti.

Pesäke, pesäkkeen hybridisaatio, kirjaston seulonta, plakki, plakin hybridisaatio

Mikä on siirtomaa -hybridisaatio

Pesäkehybridisaatio on seulontamenetelmä, jota käytetään bakteeripesäkkeiden valinnassa halutulla DNA -sekvenssillä. Sitä kutsutaan myös pesäkkeen blot -hybridisaatio, pesäkkeen nosto tai kopiointi. Se mahdollistaa suurella tiheydellä päällystettyjen pesäkkeiden seulonnan. Alkuperäisen pesäkehybridisaatiomenetelmän kehittivät ensin Grunstein ja Hogness. Ensinnäkin bakteeripesäkkeet voidaan muuntaa kalvoon ja bakteeripesäkkeet hajotetaan paljastamalla nukleiinihapot. Sitten paljastetut nukleiinihapot kiinnitetään kalvoon denaturoimalla ne ja hybridisoidaan radioaktiivisten koettimien kanssa.

Kuva 1: Pesäkkeiden hybridisaatiomenetelmä

Pesäke on bakteeriryhmä, joka on kehittynyt yhdestä bakteerisolusta aseksuaalisen lisääntymisen kautta. Näin ollen kaikilla tietyn pesäkkeen bakteerisoluilla on sama geneettinen rakenne sekä muunnettu geneettinen materiaali. Yleensä bakteerit transformoidaan plasmidi- tai kosmidivektoreiden avulla.

Mikä on plakin hybridisaatio

Plakkihybridisaatio on yhdistelmäfaagien seulontamenetelmä. Se on Bentonin ja Devisin vuonna 1977 tekemä pesäkehybridisaation muutos. Menetelmää kutsutaan myös plakin nosto. Plakkihybridisaatiomenetelmä on samanlainen kuin pesäkehybridisaatiomenetelmä ja plakit nostetaan saattamalla ne kosketuksiin nitroselluloosakalvon kanssa. Sitten nukleiinihapot altistetaan ja kiinnitetään kalvoon hybridisoitumalla haluttujen koettimien kanssa.

Kuva 2: Plakit agarlevyllä

Plakki on kirkas vyöhyke agarlevyllä, jonka tietty bakteriofagi tuottaa kyseisen alueen bakteerisolujen hajoamisen avulla. Koska nitroselluloosakalvoon siirretään vähemmän DNA: ta, plakin hybridisaatio tuottaa vähemmän taustasignaaleja.

Samankaltaisuuksia pesäkkeen ja plakin hybridisaation välillä

Ero pesäkkeen ja plakin hybridisaation välillä

Määritelmä

Pesäkehybridisaatio viittaa menetelmään bakteeripesäkkeiden valitsemiseksi halutuilla geeneillä, kun taas plakin hybridisaatio viittaa seulontamenetelmään, jota käytetään yhdistelmäfaagien tunnistamisessa.

Kehittäjä

Pesäkehybridisaation kehittivät ensin Grunstein ja Hogness, kun taas plakin hybridisaatiota kehittivät ensin Benton ja Devis vuonna 1977.

Kirjastotyypit

Pesäkehybridisaatio sisältää plasmidi- tai kosmidipohjaisten kirjastojen tunnistamisen, kun taas plakin hybridisaatio sisältää faagikirjastojen tunnistamisen.

Hissien määrä

Pesäkkeitä voidaan nostaa yhden kerran, kun taas plaketteja voidaan nostaa useita kertoja.

Taustasignaalit

Johtopäätös

Pesäkehybridisaatio on plasmidi- tai kosmidivektoreilla tuotettujen kirjastojen bakteeripesäkkeiden seulontamenetelmä. Toisaalta plakin hybridisaatio on faagikirjastojen bakteriofagien seulontamenetelmä. Suurin ero pesäkkeen ja plakin hybridisaation välillä on kussakin menetelmässä seulottujen kirjastojen tyyppi.

Viite:

1. Kaksonen, Anna. "Molekyylilähestymistavat mikrobiyhteisöanalyysiin." Liuotus - BioMineWiki, 20. huhtikuuta 2006, saatavana täältä2. Dale, J W ja P J Greenaway. "Rekombinanttifaagien tunnistaminen plakin hybridisaatiolla." Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.)., US National Library of Medicine, saatavana täältä

Kuva:

1. “Blot Hybridization”, Kaksonen - http://wiki.biomine.skelleftea.se/biomine/molecular/index_22.htm (Public Domain) Commons Wikimedia 2. kautta ”M. smegmatis plaque ”Tekijä Wazzzup7up - Oma työ (julkinen) Commons Wikimedian kautta